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在更新完 FreeBSD 原始檔後，通常緊接著是編譯它，重建整個系統。

root@myhost [/usr/src] > make buildworld

當系統重建好了之後，就要以這個系統重新建立核心，首先是編輯核心組態檔，位於/usr/src/sys/i386/conf/下，有GENERIC核心組態檔。以GENERIC組態檔建立的核心，適用絕大部份的電腦。FreeBSD 預設使用這個組態檔來建立核心。如果主機有多個中央處理器，或者是新型的多核心處理器，那麼則應該以/usr/src/sys/i386/conf/SMP這個組態檔當成基礎來修改。

直接修改GENERIC組態檔，不是非常好的作法，在初學 FreeBSD 的階段中，如果設定不正確，可能無法回復GENERIC組態檔。所以先複製一份GENERIC組態檔，且修改複製的那一份組態檔，而不更動GENERIC組態檔，是比較保險的作法。

root@myhost [/usr/src] > cd /usr/src/sys/i386/conf
root@myhost [/usr/src/sys/i386/conf] > cp GENERIC MYKERNEL

複製GENERIC組態檔為MYKERNEL組態檔，其實不一定要命名為MYKERNEL，為了說明方便，以下皆以MYKERNEL為範例。