想在FreeBSD上管理已經安裝的軟體？預設有pkg_add可以安裝新的套件，可以在ports下做make install安裝新的軟體；可以用pkg_delete移除已經安裝的套件或軟體，或是在ports下做make deinstall移除舊的軟體。

如果要更新的話，就是要先移除舊版本，然後利用csup更新ports，再安裝新版本的軟體或套件。不過，在FreeBSD上軟體和套件的相依性相當複雜，如果想要移除的軟體套件是另一個軟體套件執行時期必須存在的，那麼系統會出現警告訊息且中斷移除的程序，如果不理會系統的警告訊息而下達強制移除的指令，那麼軟體©M套件間的相依性就會損壞，常常造成還存在於系統中的軟體運作不正常。

所以要移除或是更新已經安裝的軟體，在FreeBSD上是一件不容易的事。好消息是這個現象在很早以前就被發現，而且已經有解決的方法了。解決的方式就是安裝portupgrade這個軟體，它提供了新的管理軟體的工具程式，能夠協助系統管理者輕鬆地移除或更新軟體，而能維持軟體和套件的相依性，讓系統上的軟體和套件都能正常運作。